Biaya pemrosesan naskah adalah sebesar Rp. 750.000,- rupiah yang merupakan biaya yang digunakan untuk proses review dan dibayarkan oleh penulis sebelum naskah diserahkan kepada reviewer oleh redaksi. Jurnal Pertanian Terpadu hingg kini hanya membebankan kepada penulis biaya tersebut, dan dapat dianggap sebagai biaya penyerahan (submission fee) naskah. Sedangkan, biaya lain terkait publikasi (pemuatan website, pencetakan) hingga kini ditanggung oleh Sekolah Tinggi Pertanian (STIPER) Kutai Timur sebagai bentuk insentif kepada penulis yang berkontribusi kepada Jurnal Pertanian Terpadu. Kebijakan ini dapat berubah sesuai dengan peraturan yang berlaku di STIPER Kutai Timur.