Sejak Jilid V nomor 2 Desember 2017, Jurnal Pertanian Terpadu menerapkan double peer review, dan mulai Jilid VI nomor 1, Juni  2018, peninjauan setiap naskah (review) dalam Jurnal Pertanian Terpadu dinilai oleh 2 (dua) orang mitra bebestari  yang berasal dari berbagai perguruan tinggi/instansi penelitian untuk setiap naskah yang diterbitkan sesuai dengan bidang naskah, dengan prinsip double blind peer reviewer. Dan, hanya naskah yang lolos seleksi baik editorial maupun review yang akan diterbitkan sesuai kuota penerbitan naskah setiap edisinya, yakni 10-12 naskah per edisi.

Tahapan penyerahan naskah adalah sebagai berikut:

1. Penulis mendaftarkan/menyerahkan (submit) naskahnya melalui sistem ojs yang terdapat di sini dengan terlebih dahulu mendaftar sebagai pengguna (User), atau penulis dapat mendaftarkan/menyerahkan naskahnya melalui email redaksi jpt@stiperkutim.ac.id

2. Penulis akan memperoleh pemberitahuan melalui email yang didaftarkan jika naskah tersebut telah diterima oleh redaksi.

3. Redaksi akan menyaring kelayakan naskah yang telah diserahkan sesuai dengan ruang lingkup dan format penulisan yang berlaku.

4. Naskah yang telah lolos saring dari redaksi akan dikirimkan kepada 2 orang reviewer sesuai dengan bidang naskah. Reviewer yang ditunjuk adalah orang-orang yang memiliki kompetensi, dan pada umumnya telah menempuh pendidikan jenjang doktor (S-3) dari berbagai instansi.

5. Prinsip dari proses review yang dianut adalah double blind peer review, yang bermakna bahwa sedapat mungkin redaksi berusaha agar reviewer tidak mengetahui penulis naskah yang sedang ditelaah/diperiksanya (identitas penulis disembunyikan oleh redaksi), dan sebaliknya.

6. Ada kemungkinan naskah akan ditelaah/diperiksa oleh reviewer lebih dari satu kali hingga naskah tersebut dianggap layak untuk diterbitkan, baik oleh reviewer maupun oleh redaksi.

7. Tidak semua reviewer yang ditunjuk melakukan telaah/pemeriksaan naskah menggunakan sistem OJS.

8. Naskah sudah akan berada ditangan reviewer paling lambat 1 minggu setelah penulis melakukan pembayaran (penulis akan memperoleh pemberitahuan melalui email), dan proses review berlangsung selama 2 - 4 minggu.

9. Naskah yang telah lolos review akan melalui proses penyuntingan akhir dan dijadwalkan terbit oleh redaksi, penulis akan memperoleh pemberitahuan dan berhak mendapatkan surat bukti penerimaan naskah (letter of acceptance). 

10. Jurnal terbit pada bulan juni dan desember.

11. Hingga kini, Jurnal diterbitkan secara online dan cetak (print). Bagi penulis dan pembaca yang menginginkan versi cetak, dapat menghubungi email redaksi.